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久保田 健

役職

主任研究員

専門分野

生物物理学
生物工学

担当研究分野

芳香族化合物のグリーン生産プロセス開発

学歴

2005年3月 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 基礎理工学専攻 博士(理学)

職歴

2005年4月 株式会社ニコン インストルメンツカンパニー
2007年4月 独立行政法人 理化学研究所 基幹研究所
2011年4月 (公財)地球環境産業技術研究機構 バイオ研究グループ 研究員
2016年4月 同 主任研究員

所属学会

日本生物工学会
日本農芸化学会

主要業績

Nakazawa S, Imaichi O, Kogure T, Kubota T, Toyoda K, Suda M, Inui M, Ito K, Shirai T and Araki M. History-driven genetic modification design technique using a domain-specific lexical model for the acceleration of DBTL cycles for microbial cell factories. ACS Synth. Biol. 10: 2308–2317. 2021

Kogure T, Kubota T and Inui M. Aromatic compound production by Corynebacterium glutamicum. Corynebacterium glutamicum: Biology and Biotechnology Second Edition. Springer. 339-370. 2020.

Kubota T, Watanabe A, Suda M, Kogure T, Hiraga K and Inui M. Production of para-aminobenzoate by genetically engineered Corynebacterium glutamicum and non-biological formation of an N-glucosyl byproduct. Metab. Eng. 38: 322-330. 2016.

Kogure T, Kubota T, Suda M, Hiraga K and Inui M. Metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum for shikimate overproduction by growth-arrested cell reaction. Metab. Eng. 38: 204-216. 2016.

Kubota T, Tanaka Y, Takemoto N, Hiraga K, Yukawa H and Inui M. Identification and expression analysis of a gene encoding a shikimate transporter of Corynebacterium glutamicum. Microbiology 161: 254-263. 2015.

Kubota T, Tanaka Y, Takemoto N, Watanabe A, Hiraga K, Inui M and Yukawa H. Chorismate-dependent transcriptional regulation of quinate/shikimate utilization genes by LysR-type transcriptional regulator QsuR in Corynebacterium glutamicum: carbon flow control at metabolic branch point. Mol. Microbiol. 92: 356-368. 2014.

Kubota T, Tanaka Y, Hiraga K, Inui M, Yukawa H. Characterization of Shikimate Dehydrogenase Homologues of Corynebacterium glutamicum. Appl. Microbiol. Biotechnol. 97: 8139-8149. 2013.

Kubota T, Ikeda S, Yanagisawa H, Yuki M, Okamoto A. Cy5-conjugated Hybridization-sensitive Fluorescent Oligonucleotides for Ratiometric Analysis of Nuclear poly(A) + RNA. Bioconjug. Chem. 22: 1625-1630. 2011.

Ikeda S, Kubota T, Wang DO, Yanagisawa H, Yuki M, Okamoto A. Emission Control by Binary Energy Transfer Processes on Oligouridine. Org. Biomol. Chem. 9: 6598-6603. 2011.

Ikeda S, Kubota T, Wang DO, Yanagisawa H, Umemoto T, Okamoto A. Design and Synthesis of Caged Fluorescent Nucleotides and Application to Live-cell RNA Imaging. Chembiochem. 12:2871-2880. 2011.

Kubota T, Ikeda S, Yanagisawa H, Yuki M, Okamoto A. Sets of RNA Repeated Tags and Hybridization-Sensitive Fluorescent Probes for Distinct Images of RNA in a Living Cell. PLoS ONE. 5: e13003. 2010.

Ikeda S, Kubota T, Yuki M, Yanagisawa H, Tsuruma S, Okamoto A. Hybridization-sensitive fluorescent DNA probe with self-avoidance ability. Org. Biomol. Chem. 8: 546-551. 2010.

Kubota T, Ikeda S, Yanagisawa H, Yuki M, Okamoto A. Hybridization-Sensitive Fluorescent Probe for Long-Time Monitoring of Intracellular RNA. Bioconjug. Chem. 20: 1256-1261. 2009.

Kubota T, Ikeda S, Okamoto A. Doubly Thiazole Orange-Labeled DNA for Live Cell RNA Imaging. Bull. Chem. Soc. Jpn. 82: 110-117. 2009.

Ikeda S, Kubota T, Yuki M, Okamoto A. Exciton-Controlled Hybridization-sensitive Fluorescent Probes: New Approach to Multicolor Detection of Nucleic Acids. Angew. Chem. Int. Ed. 48: 6480-6484. 2009.

Ikeda S, Kubota T, Kino K, Okamoto A. Sequence Dependence of Fluorescence Emission and Quenching of Doubly Thiazole Orange-Labeled DNA: Effective Design of a Hybridization-Sensitive Probe. Bioconjug. Chem. 19: 1719-1725. 2008.

Kubota T, Shindo Y, Tokuno K, Komatsu H, Ogawa H, Kudo S, Kitamura Y, Suzuki K, Oka K. Mitochondria are Intracellular Magnesium Stores: Investigation by Simultaneous Fluorescent Imagings in PC12 Cells. Biochim Biophys Acta-Molecular Cell Research. 1744: 19-28. 2005.

Komatsu H, Miki T, Citterio D, Kubota T, Shindo Y, Kitamura Y, Oka K, Suzuki K. Single Molecular Multianalyte (Ca2+, Mg2+) Fluorescent Probe and Applications to Bioimaging. J Am Chem Soc. 127: 10798-10799. 2005.

Takatsuna H, Asagiri M, Kubota T, Oka K, Osada T, Sugiyama C, Saito H, Aoki K, Ohya K, Takayanagi H, Umezawa K. Inhibition of RANKL-induced Osteoclastogenesis by (-)-DHMEQ, a Novel NF-kappaB Inhibitor, through Downregulation of NFATc1. J. Bone. Miner. Res. 20: 653-662. 2005.

Kubota T, Oka K. Simultaneous Fluorescent Imaging of Mg2+ and Ca2+. Clinical Calcium. 14: 1219-1222. 2004.

Kubota T, Tokuno K, Nakagawa J, Kitamura Y, Ogawa H, Suzuki Y, Suzuki K, Oka K. Na+/Mg2+ Transporter Acts as a Mg2+ Buffering Mechanism in PC12 cells. Biochem. Biophys. Res. Commun. 303: 332-336. 2003.

久保田 健, 乾 将行「バイオエコノミー社会の実現に向けたバイオカテコール生産技術開発」電気評論 692:39-40. 2021.

久保田 健「微生物発酵を利用した再生可能資源からの高機能バイオマスプラスチック原料生産技術開発」バイオサイエンスとインダストリー 79:250-251. 2021.

久保田健, 乾 将行 「微生物発酵法による植物由来芳香族モノマーの生産技術」 生分解, バイオマスプラスチックの開発と応用, 技術情報協会, p.308-317. 2020.

久保田健, 乾 将行 「コリネ型細菌を用いた芳香族化合物の高生産技術開発」 アグリバイオ, 27: 38-40. 2018.

豊田 晃一, 久保田 健, 小暮 高久, 乾 将行 第3編 第6章「網羅的解析を利用した高生産コリネ型細菌の育種戦略」 スマートセルインダストリー ―微生物細胞を用いた物質生産の展望―, シーエムシー, p.183-188. 2018.

久保田健, 乾 将行 「コリネ型細菌が生み出すバイオ化学品多様性の拡大」 化学と生物 55: 690-698. 2017.

久保田健, 岡本晃充 「RNAの細胞内局在化の蛍光イメージング法」 組織細胞化学2010 111-121. 2010.

久保田健, 池田修司, 岡本晃充 「光化学的に設計された新規蛍光核酸によるDNA/RNAイメージング」 生物物理 49: 310-313. 2009.

科学研究費助成事業・基盤(C) 研究代表者 2019年度- 「CRISPR干渉法を用いた収率最大化のための物質生産プロセス開発」

科学研究費助成事業・若手研究(B)・研究課題番号16K18305・研究代表者 2016-2017年度 「低コストかつ高効率な物質生産を可能にする迅速な代謝経路切り替えシステムの構築」

科学研究費助成事業・若手研究(B)・研究課題番号21750182・研究代表者 2009-2010年度 「生細胞内RNAの効率的時空間解析のための励起子制御型汎用的タグシステム」

受賞

第4回バイオインダストリー奨励賞 「微生物発酵を利用した再生可能資源からの高機能バイオマスプラスチック原料生産技術開発」
一般社団法人バイオインダストリー協会. 2020.

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